Procesamiento de Imágenes para Biología y Medicina (PIMBIO) es un curso dirigido a investigadores y estudiantes de las áreas de ciencias de la vida (carreras en biología, medicina, bioquímica, biología humana, etc.) que se interesen por el procesamiento de imágenes por computadora. Están invitados también estudiantes de ingeniería u otras carreras universitarias que se interesen por el tema.
Se introducirán los conceptos principales del procesamiento de imágenes por computadora con especial énfasis en su aplicación de ciencias de la vida como ser imágenes de microscopía. Se abarcan distintos aspectos de un área muy extensa de manera de dejar claros los conceptos generales subyacentes y abrir la puerta a un estudio más detallado por parte del estudiante. Al finalizar el curso el estudiante comprenderá los fundamentos del procesamiento de imágenes por computadora, tendrá experiencia en el uso de software que implementa algoritmos de procesamiento de imágenes (ImageJ/FIJI) y podrá encarar proyectos de aplicación en esta área, en diálogo con personal más experimentado.
Se espera una dedicación total de 120 horas por parte de los estudiantes, incluyendo horas de clase (teórico y práctico), consultas, estudio personal y realización de tres pruebas individuales para la evaluación.
Temario
Introducción; Adquisición y formación de imágenes; Introducción a ImageJ/FIJI; Representación y visualización imágenes; Sistemas lineales y filtrado de señales; Análisis frecuencial; Restauración de ruido; Deconvolución; Segmentación; Análisis de formas; Análisis de imágenes a color y textura; Colocalización; Super-resolución; Buenas prácticas en el uso de imágenes en publicaciones.
El contenido de las clases está disponible en el EVA del curso.
Modalidad 2022
El curso se dictará de forma presencial en las Facultades de Medicina e Ingeniería. Las clases de carácter teórico-práctico serán de forma presencial donde se realizará una presentación de los aspectos relevantes de cada tema, con un abordaje práctico basado en ejemplos en modo taller. El curso comienza con la visita a la Unidad de Microscopía Confocal (FMed) para familiarizarse con equipamiento científico avanzado y el proceso de adquisición de las imágenes.
Cupo
Dadas las restricciones locativas y para lograr atender la demanda de la modalidad este año el cupo es de 40 participantes.
Inscripciones
Interesados en participar deben completar el siguiente formulario antes del 28 de julio de 2022.
Cronograma
Las clases sincrónicas serán de 14:00 a 18:00 presenciales en Facultad de Medicina (solo el 01 y 03 de agosto) y en Facultad de Ingeniería.
Cronograma tentativo:
01/Ago: Microscopio. (FMed)
03/Ago: Introducción. Adquisición y formación de imágenes. (FMed)
05/Ago: Presentación de ImageJ/FIJI. Representación y visualización de imágenes. (FIng)
08/Ago: Histogramas y operaciones de pixel. (FIng)
10/Ago: Sistemas lineales y filtrado de señales. (FIng)
12/Ago: Análisis frecuencial. (FIng)
15/Ago: Restauracion de ruido. (FIng)
17/Ago: Prueba 01. (FIng)
19/Ago: Deconvolución. (FIng)
22/Ago: Segmentación. (FIng)
24/Ago: Análisis de Formas. (FIng)
26/Ago: Análisis de imágenes a color y textura. (FIng)
29/Ago: Colocalización. (FIng)
31/Ago: Prueba 02. (FIng)
02/Set: Seguimiento de objetos en secuencias. (tracking). (FIng)
05/Set: Buenas prácticas en el uso de imágenes en publicaciones. (FIng)
07/Set: Prueba 03. (FIng)
09/Set: Charlas aplicación. (FIng)
EVA
Los materiales y foros del cursos están en la siguiente página de EVA de la UdelaR.
Docentes
Federico Lecumberry (FIng, IPMon), Álvaro Gómez (FIng), Lucía Arboleya (FIng), Diego Silvera (FIng), Mariana Di Doménico (FMed), Rossana Sapiro (FMed), Patricia Cassina (FMed).
Por consultas escribirnos un email.
