Procesamiento de Imágenes para Biología y Medicina (PIMBIO) es un curso dirigido a investigadores y estudiantes de las áreas de ciencias de la vida (carreras en biología, medicina, bioquímica, biología humana, etc.) que se interesen por el procesamiento de imágenes por computadora. Están invitados también estudiantes de ingeniería u otras carreras universitarias que se interesen por el tema.
Se introducirán los conceptos principales del procesamiento de imágenes por computadora con especial énfasis en su aplicación de ciencias de la vida como ser imágenes de microscopía. Se abarcan distintos aspectos de un área muy extensa de manera de dejar claros los conceptos generales subyacentes y abrir la puerta a un estudio más detallado por parte del estudiante. Al finalizar el curso el estudiante comprenderá los fundamentos del procesamiento de imágenes por computadora, tendrá experiencia en el uso de software que implementa algoritmos de procesamiento de imágenes (ImageJ/FIJI) y podrá encarar proyectos de aplicación en esta área, en diálogo con personal más experimentado.
Se espera una dedicación total de 90 horas por parte de los estudiantes, incluyendo horas de clase (teórico y práctico), consultas, estudio personal y realización de tres pruebas individuales para la evaluación.
Temario
Introducción; Representación y visualización imágenes; Adquisición y formación de imágenes; Introducción a ImageJ/FIJI; Sistemas lineales y filtrado de señales; Análisis frecuencial; Restauración de ruido; Deconvolución; Segmentación; Análisis de formas; Análisis de imágenes a color y textura; Colocalización; Super-resolución; Buenas prácticas en el uso de imágenes en publicaciones.
El contenido de las clases y videos está disponible en el EVA del curso.
Modalidad 2021
El curso en 2021 se dictará de forma virtual a través de la plataforma Zoom. Las clases de carácter teórico-práctico serán de forma sincrónica donde se realizará una presentación de los aspectos relevantes de cada tema, con un abordaje práctico basado en ejemplos en modo taller.
Cupo
Dada las exigencias del seguimiento de este formato de curso este año el cupo es de 24 participantes.
Inscripciones
Interesados en participar deben completar el siguiente formulario antes del 30 de setiembre.
Cronograma
Las clases sincrónicas serán de 13:30 a 16:30. Además de las clases sincrónicas habrá algunos temas que estarán disponibles en videos grabados.
El cronograma es el siguiente:
| Video 01 | Introducción. | |
| Día 01 | Ma 26/Oct | Representación y visualización de imágenes. |
| Video 02 | Adquisición y formación de imágenes. | |
| Día 02 | Mi 27/Oct | Introducción a ImageJ/FIJI. Histogramas y operaciones de pixel. |
| Día 03 | Ju 28/Oct | Sistemas lineales y filtrado (lineal y no lineal) de señales. |
| Día 04 | Mi 03/Nov | Análisis frecuencial. |
| Día 05 | Ju 04/Nov | Restauración de ruido. |
| Día 06 | Vi 05/Nov | Prueba 01. |
| Día 07 | Ma 09/Nov | Deconvolución. |
| Día 08 | Mi 10/Nov | Segmentación. |
| Día 09 | Ju 11/Nov | Análisis de formas. Macros en ImageJ/FIJI. |
| Día 10 | Ma 16/Nov | Análisis de imágenes a color y textura. |
| Día 11 | Mi 17/Nov | Colocalización. |
| Video 03 | Super-resolución en microscopía de fluorescencia. | |
| Día 12 | Ju 18/Nov | Prueba 02. |
| Día 13 | Ma 23/Nov | Seguimiento de objetos en secuencias (tracking). |
| Día 14 | Mi 24/Nov | Buenas prácticas en el uso de imágenes en publicaciones. |
| Día 15 | Ju 25/Nov | Prueba 03. |
EVA
Los materiales y foros del cursos están en la siguiente página de EVA de la UdelaR.
Docentes
Federico Lecumberry (FIng, IPMon), Gregory Randall (FIng), Álvaro Gómez (FIng), Rossana Sapiro (FMed), Patricia Cassina (FMed).
Por consultas escribirnos un email.
